郑妃
扶苏的母亲是嬴政的老婆郑夫人，后世也将她称作郑皇后，嬴政在位期间没有立过皇后。
后世将郑夫人称为皇后，是因为扶苏的关系，扶苏是秦始皇的嫡长子，地位尊崇，如果不是赵高从中作梗，嬴政的继位者就是扶苏无疑。扶苏死后，后世诸人都同情扶苏的遭遇，都尊称其为公子扶苏，尊其母为郑皇后。
据传，扶苏的母亲郑夫人是郑国人，那时的女子基本都没有自己的名字，后宫的女子都是以自己的国名为姓，地位低的称为姬，高一点的称为夫人。
郑夫人的地位比较高的原因是因为自己的儿子扶苏，作为始皇帝的长子，不仅聪颖，而且还谦逊有礼，爱好学习。虽然性格和嬴政有点差别，但是毕竟是嬴政的排名较好个儿子，嬴政对扶苏是非常喜爱的，这也就使得扶苏的母亲受到秦始皇的宠爱，地位也就高了起来。
关于扶苏的生母有两种说法。
一、郑妃
相传扶苏的生母是郑妃，郑国人，喜欢吟唱诗歌《山有扶苏》，秦始皇便将两人之子取名“扶苏”，“扶苏”的意思是树木枝叶茂盛，为美好之意，也表达了秦始皇对扶苏的喜爱。
二、楚女
扶苏出生的时候，那时的嬴政还不是秦始皇，并在国内和嫪毐势力作斗争。与此同时，嬴政也与楚国结成了同盟，而秦始皇很有可能与楚国宗室进行了政治联姻，楚国的昌平君(疑似扶苏母舅)在击败嫪毐的过程中也有很大的功劳。
扶苏母亲是郑皇后，郑国人。历史上，昌平君是扶苏的舅舅。楚国国王在当太子的时候曾在秦国当人质，后来生下了昌平君。
后来老国王去世，秦王不想放他爸爸回去，昌平君的爸爸就和春申君逃回楚国，把昌平君和她母亲抛弃在秦国。
因为华阳太后的庇护（就是嬴政他父亲投靠的那个义母，华阳太后是楚国的外戚，而且当时权势极大），昌平君就留在了秦国。
关于公子扶苏的母史书资料中并没有过多的记载，只知道他的母亲是郑国人。历史上关于扶苏母亲的身份有两种说法，一说是郑国人，喜欢吟唱《山有扶苏》，所以嬴政给他们的孩子取名为扶苏，意思是枝叶茂盛的意思，可见嬴政对扶苏甚是喜爱，把他当继承人来养。
二说是是楚国王女，这个还是比较可信的。