庚子时和甲子时的区别是其日干不同。根据日循时诀可知，庚子时应该是天干在丁壬之日才有。而甲子时应该在天干甲己之日出现。日循时诀说：甲己起甲子，乙庚起丙子，丙辛起戊子，丁壬起庚子，戊癸起壬子。在日常生活中，推算某人的生辰八字中的时辰就据这口诀得出准确的时间。